產品簡介
FFPE樣本由于組織或細胞進行了固定造成了RNA斷裂，所以常規(guī)真核生物通過polyA尾捕獲mRNA的方式不適用于FFPE樣本的轉錄組測序，“旭燃生物”FFPE樣本轉錄組測序采用去rRNA的方式進行建庫，和常規(guī)lncRNA測序的建庫原理比較相似。但是FFPE樣本天然存在降解，樣本RNA片段異質性比較大，“旭燃生物”對實驗條件進行了優(yōu)化，以便得到高質量的數據。
數據表現
產品優(yōu)勢
1、可同時檢測mRNA、lncRNA和circRNA
2、可適用于FFPE等RNA質量稍差的樣本
3、低成本，高準確性，大幅降低了測序時間
4、數字化信號，直接測定每個轉錄本片段序列,單核苷酸分辨率的精確度
5、利用高深度的測序數據組裝構建轉錄本序列,識別可變剪接模式
實驗流程
數據分析
| 樣本類型 | 建議送樣量 | 存儲介質 | 保存、運輸條件 |
| 組織 | ＞50mg | 1.RNA later； 2.存入凍存管; 3.大塊組織樣本不建議放入trizol保存； 4.1.5ml無菌離心管 | -80℃保存，干冰運輸 |
| 細胞 | ＞2 x 10^6 | 1.收集的細胞沉淀，加入1ml trizol震蕩混勻-80度保存； 2.收集的細胞沉淀，液氮速凍5-10min，-80℃冰箱保存； | -80℃保存，干冰運輸 |
| 全血 | ＞1ml | A.采用EDTA抗凝管采血，禁用肝素抗凝管，新鮮血液效果更佳。 B.或者分離出PBMC加 trizol 混勻。 C.或者全血離心去掉血漿加 trizol 混勻。 D.或者使用PAXgene Blood RNA Tube靜脈真空采血管（全血RNA管） PS：請盡量不使用RNA later保存全血。 | -80℃保存，干冰/4度（新鮮）運輸 |
| FFPE | A.切片組織面積大于1cm2，切片表面無劃痕，無干裂，均勻貼片的石蠟切片； B.切片組織細胞>30000個；有核細胞比例>80%；腫瘤細胞比例>20%，白片厚度5~ 10um，需3-5片，組織面積偏小或細胞核占比未達80%以上，需提供5-12片； C.石蠟塊：厚度4mm以上，組織約綠豆大小以上； D.蠟卷：厚度25um左右，2-5卷 | / | 4℃或常溫保存和運輸 |
| RNA | ＞1ug | DEPC水；Water Nuclease-Free | -80℃保存，干冰運輸 |
研究方向/思路
微信客服