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轉(zhuǎn)錄組測序
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全轉(zhuǎn)錄組測序
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  • 產(chǎn)品描述

    全轉(zhuǎn)錄組即特定細胞或組織在某一功能狀態(tài)下所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物 (mRNA、 LncRNA、 CircRNA 以及 microRNA) 的合集。全轉(zhuǎn)錄組測序可對同一個樣品同時進行 mRNA、 LncRNA、 CircRNA 和 microRNA 的單獨分析,還可進行多種 RNA聯(lián)合分析以及內(nèi)源競爭性 RNA 整合分析,分子標記篩選等,探究其潛在的調(diào)控網(wǎng)絡機制,全面的揭示轉(zhuǎn)錄調(diào)控問題。主要應用于免疫機制、疾病領域、發(fā)育進化、致病機理和藥物靶標等方面的研究。
    全轉(zhuǎn)錄組是轉(zhuǎn)錄組測序的一站式解決方案,對一份樣品建兩個文庫,獲取 4 種 RNA 的測序結(jié)果進行分別分析與聯(lián)合分析,并對 LncRNA 與 CricRNA 這類具有 microRNA 結(jié)合位點的非編碼 RNA 進行 ceRNA 分析,深度挖掘基因功能及調(diào)控機制,解析 RNA 分子間調(diào)控模式。

    產(chǎn)品優(yōu)勢
    1、通量高、敏感性高的技術(shù),對于多基因分析及低頻突變檢測具有獨特的優(yōu)勢
    2、全基因組分析,無需預先設計特異性探針能夠檢測未知基因

    3、低成本,高準確性,大幅降低了測序時間
    4、數(shù)字化信號,直接測定每個轉(zhuǎn)錄本片段序列,單核苷酸分辨率的精確度
    5、利用高深度的測序數(shù)據(jù)組裝構(gòu)建轉(zhuǎn)錄本序列,識別可變剪接模式

    實驗流程

  • 數(shù)據(jù)分析

  •  

    樣本類型建議送樣量存儲介質(zhì)保存、運輸條件
    組織>50mg1.RNA later;
    2.存入凍存管;
    3.大塊組織樣本不建議放入trizol保存;
    4.1.5ml無菌離心管
    -80℃保存,干冰運輸
    細胞>2 x 10^61.收集的細胞沉淀,加入1ml trizol震蕩混勻-80度保存;
    2.收集的細胞沉淀,液氮速凍5-10min,-80℃冰箱保存;
    -80℃保存,干冰運輸
    全血>1mlA.采用EDTA抗凝管采血,禁用肝素抗凝管,新鮮血液效果更佳。
    B.或者分離出PBMC加 trizol 混勻。
    C.或者全血離心去掉血漿加 trizol 混勻。
    D.或者使用PAXgene Blood RNA Tube靜脈真空采血管(全血RNA管)
    PS:請盡量不使用RNA later保存全血。
    -80℃保存,干冰/4度(新鮮)運輸
    FFPEA.切片組織面積大于1cm2,切片表面無劃痕,無干裂,均勻貼片的石蠟切片;
    B.切片組織細胞>30000個;有核細胞比例>80%;腫瘤細胞比例>20%,白片厚度5~ 10um,需3-5片,組織面積偏小或細胞核占比未達80%以上,需提供5-12片;

    C.石蠟塊:厚度4mm以上,組織約綠豆大小以上;
    D.蠟卷:厚度25um左右,2-5卷
    /4℃或常溫保存和運輸
    RNA>1ugDEPC水;Water Nuclease-Free-80℃保存,干冰運輸
  • 研究方向/思路

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